Looping a través de todos los archivos en el directorio en R, aplicando múltiples comandos

Necesito aplicar un conjunto de comandos en R a todos los archivos .txt individuales (alrededor de 300) en un directorio.

No estoy muy familiarizado con R, por lo que toda la ayuda que he analizado en línea sobre el bucle es confusa, o no puedo encontrar la forma de aplicar un bucle cuando necesita aplicar múltiples comandos a cada archivo.

Los comandos que necesito aplicar a cada archivo (árboles filogenéticos) dentro del directorio son (que usa la biblioteca del simio de R):

 testtree <- read.tree("tree123.txt") unrooted_tr <- unroot(testtree) write.tree(unrooted_tr, file="unrootedtree123.txt") 

¿Cómo aplico un ciclo que aplicará estos comandos a cada archivo .txt individual (ya sea usando R o en la línea de comandos de Unix)? El resultado (por ejemplo, unrootedtree123.txt) necesitará tener un nombre diferente para cada archivo individual.

Gracias de antemano, Dani.

Puede obtener todos los archivos y luego hacer un bucle con lapply y aplicar la función que desee aplicar de la siguiente manera:

 files <- list.files(path="path/to/dir", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE) lapply(files, function(x) { t <- read.table(x, header=TRUE) # load file # apply function out <- function(t) # write to file write.table(out, "path/to/output", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE, col.names=TRUE) })