Diagtwig de Venn sombreado proporcional y de colores con semitransparencia

Tengo el siguiente tipo de datos de recuento.

A 450 B 1800 A and B both 230 

Quiero desarrollar un colorido (posiblemente semi transparencia en las intersecciones) como el siguiente diagtwig de Venn.

enter image description here

Nota: Esta figura es un ejemplo dibujado a mano en PowerPoint, y no está a escala.

Aquí hay una publicación que analiza el diagtwig de Venn de la lista de grupos y factores concurrentes .

Para una fácil solución use el paquete de venneuler :

 require(venneuler) v <- venneuler(c(A=450, B=1800, "A&B"=230)) plot(v) 

enter image description here

Para obtener soluciones más avanzadas y personalizadas, consulte el paquete VennDiagram .

Basado en la segunda respuesta de la segunda sugerencia de Geek On Acid (gracias una vez más), también podría resolver el problema de la línea. ¡Estoy publicando si esto es relevante para otros googlers!

  require(VennDiagram) venn.diagram(list(B = 1:1800, A = 1571:2020),fill = c("red", "green"), alpha = c(0.5, 0.5), cex = 2,cat.fontface = 4,lty =2, fontfamily =3, filename = "trial2.emf"); 

enter image description here

Recientemente publiqué un nuevo paquete R, eulerr , que hace lo que desea. Es bastante similar al venneuler pero sin sus inconsistencias.

 library(eulerr) fit <- euler(c(A = 450, B = 1800, "A&B" = 230)) plot(fit) 

eulerplot

O puede probar la shiny aplicación para el mismo paquete r en eulerr.co

brillante-euler

Aunque esto no responde tu pregunta por completo. Pensé que esto sería útil para otras personas que buscan trazar Venn Diagram. Se puede usar la función venn () del paquete gplots: http://www.inside-r.org/packages/cran/gplots/docs/venn

 ## modified slightly from the example given in the documentation ## Example using a list of item names belonging to the ## specified group. ## require(gplots) ## construct some fake gene names.. oneName <- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="") geneNames <- replicate(1000, oneName()) ## GroupA <- sample(geneNames, 400, replace=FALSE) GroupB <- sample(geneNames, 750, replace=FALSE) GroupC <- sample(geneNames, 250, replace=FALSE) GroupD <- sample(geneNames, 300, replace=FALSE) venn(list(GrpA=GroupA,GrpB=GroupB,GrpC=GroupC,GrpD=GroupD)) 

enter image description here Luego solo agrego colores y transparencia usando illustrator. enter image description here

Hay un trazador proporcional intuitivo y flexible que puede descargar y ejecutar. Encuéntrelo en: http://omics.pnl.gov/software/VennDiagramPlotter.php

y

jvenn : un visor interactivo del diagtwig de Venn – GenoToul Bioinfo: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/

Sé que OP pregunta sobre una solución en R, pero me gustaría señalar una solución basada en web llamada BioVenn . Toma hasta 3 listas de elementos y dibuja un diagtwig de Venn para que cada superficie sea proporcional a la cantidad de elementos, como este:

enter image description here

En este diagtwig he cambiado manualmente (a través de PhotoShop) la ubicación de los números ya que no me gustaron las ubicaciones elegidas por BioVenn. Pero puedes elegir no tener números.

En teoría, las listas utilizadas con BioVenn deben consistir en identificaciones de genes, pero, en la práctica, no importa; las listas simplemente deben contener cadenas.