error de segfault capturado en R

caught segfault error de caught segfault cada vez que bash ejecutar cualquier función de ggplot2 paquete ggplot2 (1.0.0). He intentado esto con qplot , geom_dotplot , geom_histogram , etc. Los datos del paquete (por ejemplo, diamonds o economics ) funcionan bien.

Estoy operando en Mac OS 10.9.4 (la última versión) y en R 3.1.1 (también la última versión). Obtengo el mismo error con la GUI estándar R, RStudio y cuando uso R desde la línea de comando. El comando muestra el dispositivo gráfico predeterminado (Quartz para R GUI y línea de comando), pero también el error del terminal.

 library(ggplot2) qplot(1:10) 

me da el error:

 *** caught segfault *** address 0x18, cause 'memory not mapped' Traceback: 1: .Call("plyr_split_indices", PACKAGE = "plyr", group, n) 2: split_indices(scale_id, n) 3: scale_apply(layer_data, x_vars, scale_train, SCALE_X, panel$x_scales) 4: train_position(panel, data, scale_x(), scale_y()) 5: ggplot_build(x) 6: print.ggplot(list(data = list(), layers = list(), scales = , mapping = list(x = 1:3), theme = list(), coordinates = list(limits = list(x = NULL, y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE), plot_env = , labels = list(x = "1:3", y = "count"))) 7: print(list(data = list(), layers = list(), scales = , mapping = list(x = 1:3), theme = list(), coordinates = list( limits = list(x = NULL, y = NULL)), facet = list(shrink = TRUE), plot_env = , labels = list(x = "1:3", y = "count"))) Possible actions: 1: abort (with core dump, if enabled) 2: normal R exit 3: exit R without saving workspace 4: exit R saving workspace 

Aquí está mi información de sesión:

 R version 3.1.1 (2014-07-10) Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit) locale: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 attached base packages: [1] graphics grDevices utils datasets stats methods base other attached packages: [1] ggplot2_1.0.0 marelac_2.1.3 seacarb_3.0 shape_1.4.1 beepr_1.1 birk_1.1 loaded via a namespace (and not attached): [1] audio_0.1-5 colorspace_1.2-4 digest_0.6.4 grid_3.1.1 gtable_0.1.2 [6] MASS_7.3-34 munsell_0.4.2 plyr_1.8.1 proto_0.3-10 Rcpp_0.11.2 [11] reshape2_1.4 scales_0.2.4 stringr_0.6.2 tools_3.1.1 

He deducido de otros que se trata de un problema de memoria de algún tipo, pero este error ocurre incluso cuando tengo más de 2 GB de RAM libre. Sé que este es un paquete ampliamente utilizado, así que, por supuesto, esto no sucede para todos, pero ¿por qué me está sucediendo? ¿Alguien sabe lo que puedo hacer para solucionar este problema?

En caso de que alguien más tenga este problema o algo similar en el futuro, envié un informe de fallas al mantenedor del paquete y él recomendó desinstalar todos los paquetes instalados y empezar de nuevo. ¡Tomé su consejo y funcionó!

Seguí los consejos de esta publicación: http://r.789695.n4.nabble.com/Reset-Rs-library-to-base-packages-only-remove-all-installed-contributed-packages-td3596151.html

 ip < - installed.packages() pkgs.to.remove <- ip[!(ip[,"Priority"] %in% c("base", "recommended")), 1] sapply(pkgs.to.remove, remove.packages) 

Esta no es una respuesta a esta pregunta, pero podría ser útil para alguien. (Inspirado por el usuario1310503. ¡Gracias!)

Estoy trabajando en un data.frame df con tres cols: col1, col2, col3. Inicialmente,

 df =data.frame(col1=character(),col2=numeric(),col3=numeric(),stringsAsFactors = F) 

En el proceso, rbind se usa muchas veces, como:

 aList< -list(col1="aaa", col2 = "123", col3 = "234") dfNew <- as.data.frame(aList) df <- rbind(df, dfNew) 

Por último, df se escribe en el archivo a través de data.table :: fwrite

 data.table::fwrite(x = df, file = fileDF, append = FALSE, row.names = F, quote = F, showProgress = T) 

df tiene 5973 filas y 3 cols. La "segfault capturada" siempre ocurre:

 address 0x1, cause 'memory not mapped'. 

La solución a este problema es:

 aList< -list(col1=as.character("aaa"), col2 = as.numeric("123"), col3 = as.numeric("234")) dfNew <- as.data.frame(aList) dfNew$col1 <- as.characer(dfNew$col1) dfNew$col2 <- as.numeric(dfNew$col2) dfNew$col3 <- as.numeric(dfNew$col3) df <- rbind(df, dfNew) 

Entonces este problema está resuelto. La posible razón es que las clases de cols son diferentes.

Esta no es una respuesta a esta pregunta, pero podría ser útil para alguien. Tenía segfaults cuando hice pdf para crear un dispositivo de gráficos PDF y luego utilicé el plot . Esto sucedió con R 2.15.3, 3.2.4 y una o dos versiones más, que se ejecutan en Scientific Linux versión 6.7. Intenté muchas cosas diferentes, pero las únicas formas en que podía hacer que funcionara eran (a) usar png o tiff lugar de pdf , o (b) guardar archivos .RData grandes y luego usar un progtwig R completamente separado para crear los gráficos.