agregar paquete RMySQL a R falla (en Windows)?

No puedo entender por qué mi paquete RMySQL no se instalará, esto es lo que obtengo:

> install.packages('RMySQL',type='source') trying URL 'http://cran.mirrors.hoobly.com/src/contrib/RMySQL_0.7-5.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 160769 bytes (157 Kb) opened URL downloaded 157 Kb * installing *source* package 'RMySQL' ... ERROR: configuration failed for package 'RMySQL' * removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL' The downloaded packages are in '(foo)' Warning message: In install.packages("RMySQL", type = "source") : installation of package 'RMySQL' had non-zero exit status 

No creo que sea un problema con la instalación de MySQL, ya que los valores correctos parecen estar en el registro:

 > Sys.getenv('MYSQL_HOME') MYSQL_HOME "C:/PROGRA~1/MySQL/MYSQLS~1.1/" > readRegistry("SOFTWARE\\MySQL AB", hive="HLM", maxdepth=2) $`MySQL Server 5.1` $`MySQL Server 5.1`$DataLocation [1] "C:\\Documents and Settings\\All Users\\Application Data\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\" $`MySQL Server 5.1`$FoundExistingDataDir [1] "0" $`MySQL Server 5.1`$Location [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.1\\" $`MySQL Server 5.1`$Version [1] "5.1.54" 

Perplejo. ¡Cualquier ayuda sería muy apreciada!

El proceso básico se describe aquí , pero hay varias sugerencias, por lo que describiré la solución completa (cambie la versión R y las rutas si es necesario) :

  1. Instala los últimos RTools desde aquí
  2. instalar MySQL o archivos de encabezado y biblioteca de mysql
  3. cree o edite el archivo C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site y agregue una línea como MYSQL_HOME=C:/mysql (ruta a sus archivos mysql)
  4. copie libmysql.lib de mysql / lib a mysql / lib / opt para cumplir con las dependencias.
  5. copie libmysql.dll en C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin o en el directorio windows/system32 .
  6. Ejecute install.packages('RMySQL',type='source') y espere hasta que finalice la comstackción.

Esto funcionó para mí en Windows 7 de 64 bits, por lo que no debería haber problemas con las versiones de 32 bits

Inicialmente publicado aquí (pregunta similar).

Primero, intentaría seguir las instrucciones en esta página: http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

Luego, asegúrese de tener un cliente MySQL en su computadora, no solo el servidor en sí. He tenido un problema en el que tuve que usar un binario anterior para el cliente, pero puedes descargarlo desde el sitio web de mysql.

Creé un binario que podría funcionar para las personas:

http://kenahoo.blogspot.com/2011/09/rmysql-binary-for-windows-7.html

Básicamente seguí todas estas instrucciones, incluidas las de la página de Vanderbilt, pero por una razón u otra no siempre parece funcionar. De todos modos, espero que esto pueda ser útil para las personas que tienen las mismas versiones de las cosas que utilicé.

Estaba teniendo este mismo problema en Windows 7 con R 2.12.1 x64 y lo resolví de la siguiente manera:

  1. Cambiando el directorio R en mi variable PATH a C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\x64 (en lugar de solo ...\R-2.12.1\bin ).
  2. Copiando ...\MySQL Server 5.5\lib\libmysql.dll a ...\MySQL Server 5.5\bin\ .
  3. Ejecutando R CMD INSTALL RMySQL_0.7-5.tar.gz en cmd.exe ( install.packages('RMySQL',type='source') en R todavía no funcionaría).

Encontré esta guía paso a paso para instalar RMySQL en Windows7 64 bits.

http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

El software que utilicé es:

  1. Sistema operativo Windows 8
  2. R3.0.2 – 64 bits
  3. Rtools 3.1
  4. MySQL Server Community Edition 5.6 – 64 bits

Siguiendo la guía anterior (con capturas de pantalla provistas), mi instalación y carga del paquete RMySQL funciona.

¡Muchas gracias a Arne Hendrik Schulz!

Como dijo Marek. No hay un binario de Windows para este paquete. Tuve problemas similares en mi Mac cuando traté de instalar RPostgreSQL (porque no hay ningún binario para Mac), al final tuve que comstackrlo solo y modificar varios archivos.

Para la parte de MySQL (si no sabes mucho sobre MySQL), es posible que desees utilizar WAMP, que sin duda es más de lo que necesitas, pero fácil de instalar y para iniciar y cerrar.

Para obtener ayuda con la comstackción, podría interesarte Rtools

HTH

Por cierto: ¿Qué tipo de ventanas corres (sry, si me lo perdí)

Sin embargo, hay un requisito adicional en este momento (con el servidor MySQL versión 5.5 y R2.12.1) siga las instruccioneshttp: //biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL en la actualidad como ubicaciones de libmySQL.dll difiere de lo que se espera en el paquete.

es decir, para la comstackción de 64 bits. espera que libmySQL.dll esté en “$ {MYSQL_HOME}” / bin / libmySQL.dll así que simplemente copie el dll en el directorio / bin y ahora se comstackrá.

para la comstackción de 32 bits. Se espera que libmySQL.lib en “$ {MYSQL_HOME}” / lib / opt / libmysql.lib al mover esto se resuelva el problema.

Alternativamente, si no quiere o no puede mover estos archivos. A continuación, puede editar los archivos de código fuente: Makevars.win Makevars.win32 Makevars.win64 apuntando apropiadamente a /lib/libmysql.dll /lib/libmysql.lib

¡Agrega el directorio MySQL y RTools al PATH!

Aquí está mi RUTA ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin; ; ~blah~;C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin;c:\rtools\bin;C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin;

Estuve trabajando durante los últimos 2 días en la instalación de R con el paquete RMySQL, finalmente obtuve la solución para eso, aquí están los pasos para instalar el paquete RMySQL: –

  1. DESCARGAR EL SOFTWARE DE LOS SIGUIENTES ENLACES: * a. R2.13.2: descargue R desde http://cran.stat.sfu.ca/index.html

      b. RTools 214: Download RTools from http://cran.cict.fr c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org* 
  2. ESTABLECER LAS SIGUIENTES VARIABLES AMBIENTALES

      * a. MYSQL_HOME : /path to MySQL installation folder eg MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\ b. R_HOME: /path to R installation eg R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\ c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. * 

    Asegúrese de que las siguientes rutas estén incluidas en su variable PATH de Windows: \ Rtools \ 2.14 \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW64 \ bin

  3. CREAR ARCHIVOS DE CARPETAS Y COPIA

    a. OPT: Crea una carpeta OPT en C: \ Archivos de progtwig \ MySQL \ MySQL Server 5.5 \ lib y copia
    MYSQLLIB.LIB la ruta anterior. Copie también libmysql.dll a \\ R \ R-2.14.0 \ bin \ (64 bit) O \\ R \ R-2.14.0 \ bin \ i386 \ (32 bit) y a C: \ Windows \ System32.

segundo. Renviron.site: cree o edite un archivo \\ R \ R-2.14.0 \ etc \ Renviron.site y agregue una línea: MYSQL_HOME = “C: / Archivos de progtwig / MySQL / MySQL Server 5.5 /” NB: USE FORWARD SLASH Y DOBLE COTIZACIÓN AQUÍ

do. libMySQL.dll: copie este archivo en C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.13.2 \ bin \ i386 y en C: \ Archivos de progtwig \ R \ R-2.13.2 \ bin

  1. EJECUTAR COMANDOS

    a. Install.Packages: ejecute R GUI haciendo clic en el icono R en el escritorio o desde el menú Inicio. Escriba INSTALL.PACKAGES (“RMySQL”, type = “Fuentes”). Esto descargará el software requerido de los repositorys.

segundo. Símbolo del sistema: copie el archivo zip descargado (en el paso 4.a.) y péguelo en la carpeta de instalación de R. Ir al menú de inicio y abrir Símbolo del sistema. Vaya a la carpeta de instalación de R y escriba R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

  *COMMANDS: >library(RMySQL) >drv = dbDriver("MySQL") >con = dbConnect(drv,host="localhost",dbname="test",user="root",pass="root") >album = dbGetQuery(con,statement="select * from t_master") >album* 

18 meses después, nueva computadora portátil, el mismo problema. Regreso a la escena del crimen – lo siento enero de 2011 auto; estamos en el futuro, y esta instalación todavía no es divertida.

Lecciones aprendidas:

-Los RTools actualizados son esenciales . Consígalos.

¿Está viendo un error en la línea de .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details ? Esto parece significar que hay un problema con las variables de entorno de su sistema.

En R, ejecuta

 Sys.getenv('MYSQL_HOME') 

Si escupe un camino como

  [1] "C:\\Program Files\\MySQL\\MySQL Server 5.6" 

Estas bien. Pero si te da cadena vacía, necesitas configurar esto.

Estas son todas las instrucciones de Windows 7, pero el proceso es bastante similar en XP, si la memoria sirve.

1) Abra Propiedades del sistema> Avanzado> Variables de entorno.

2) En el panel inferior ‘Variables del sistema’, haga clic en ‘Nuevo’.

3) El nombre de la variable es MYSQL_HOME y el valor es la ruta que sea para su instalación de MySQL – el mío fue C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6

Las versiones más nuevas de MySQL no parecen crear una variable de entorno en la instalación, y la falta de binarios para RMySQL explica por qué esta pregunta ha cosechado 8,000 visitas.

-¿Todavía estancado? Aquí hay dos informes adicionales en profundidad: 1 , 2

Lo siguiente funcionó para mí en red hat linux

 wget http://cran.r-project.org/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz sudo R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-inc=/usr/include/mysql' --configure-args='--with-mysql-lib=/usr/lib64/mysql' RMySQL_0.9-3.tar.gz