Cómo seleccionar un espejo CRAN en R

Estoy tratando de instalar un paquete a través del prompt R haciendo lo siguiente:

install.packages('RMySQL') 

Pero el resultado es el siguiente:

 --- Please select a CRAN mirror for use in this session --- 

¡Y nada más! No puedo encontrar una solución a este problema tan básico. ¿Qué se supone que debo escribir para seleccionar un espejo CRAN?

EDITAR:

Sistema operativo: Mac-OS X 10.6.8 R Versión: 2.15.0

Debería obtener una ventana con una lista de repositorys o un menú de texto con algunas opciones. Pero si eso no aparece, siempre puede especificar el espejo desde donde descargar los paquetes usted mismo usando el parámetro repos . Al hacer eso, R no le preguntará más sobre el repository. Ejemplo:

 install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org') 

Aquí tienes una lista de espejos para R.

Esto es lo que hago, que es básicamente directo de la página de example(Startup) :

 ## Default repo local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" options(repos=r) }) 

que está en ~/.Rprofile .

Soy un fan de:

 chooseCRANmirror() 

Que imprimirá la lista de espejos en la salida (sin preocuparse de una ventana emergente ya que la está ejecutando desde la terminal) y luego ingrese el número que desea.

Utilizo la solución ~ / .Rprofile sugerida por Dirk, pero solo quería señalar que

 chooseCRANmirror(graphics=FALSE) 

parece ser lo más sensato que hacer en lugar de

 chooseCRANmirror(81) 

, que puede funcionar, pero que implica el número mágico 81 (o tal vez esta es una manera sutil de promover el turismo a 81 = Reino Unido (Bristol) :-))

La pantalla de selección de repository no se puede mostrar en su sistema (OS X), ya que OS X ya no incluye X11. R intenta mostrarle el mensaje a través de X11. Instale X11 desde http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Luego ejecuta el comando de instalación. Se mostrará el mensaje de selección de repository.

Si necesita configurar el mirror de una manera no interactiva (por ejemplo, haciendo una instalación de rbundler en un script de implementación) puede hacerlo de esta manera:

Primero, ejecute manualmente:

 chooseCRANmirror() 

Elija el número de espejo que sea mejor para usted y recuérdelo. Luego, para automatizar la selección:

 R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()' 

Donde 87 es el número del espejo que le gustaría usar. Este fragmento también instala el rbundle para usted. Puedes omitir eso si quieres.

solía

elige CRANmirror (81)

le da un aviso para seleccionar el país y luego puede hacer la selección escribiendo el código de espejo país especificado allí

Debe seleccionar un menú desplegable para que seleccione (o obtendrá un grupo de números para elegir), ya sea que esté utilizando R en el terminal o un IDE como RStudio. Esto es compatible con Windows, Mac OS y la mayoría de los sistemas Linux. Sin embargo, puede requerir configuración adicional o dependencias tales como X-windows.

Para habilitar X-windows cuando usa acceso remoto, use los siguientes indicadores -XY :

 ssh -XY username@server.domain 

A menudo hay un repository predeterminado, pero esto se puede especificar si tiene algún problema, como ejecutar secuencias de comandos o Rmarkdown / knitr. Puede usar el oppo opset del espejo o repository para CRAN cada vez que lo instale con:

 install.packages("package", repo="") 

Es aconsejable usar el espejo más cercano a su ubicación para descargas más rápidas. Por ejemplo:

 install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/") 

También puede establecer la opción de repos en su sesión, de modo que solo lo necesite una vez por sesión interactiva (o secuencia de comandos). Puede verificar si los repos están configurados con:

 options(repos) 

Si obtiene "Error in options(repos) : object 'repos' not found" , puede configurar la opción de repository. Por ejemplo:

 options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/") 

Entonces debería funcionar instalar paquetes como de costumbre. Por ejemplo:

 install.packages("RMySQL") 

Como lo mencionaron otros, puede configurar el repository en su archivo .Rprofile y hacer que funcione en todos sus scripts. Depende de usted si prefiere estas opciones “globales” en su sistema o las opciones “locales” en su sesión o secuencia de comandos. Estas opciones “locales” toman más tiempo para usar cada sesión pero tienen el beneficio de hacer que otros puedan usar sus scripts si no tienen su .Rprofile .

Tuve, en macOS, exactamente lo que dijiste: un mensaje ‘por favor selecciona’ y nada más.

Después de abrir (y actualizar, no sé si era relevante) X-Quartz, y luego reiniciar R y volver a intentarlo, obtuve una lista de X-ventanas de espejos para elegir después de unos segundos. Fue más rápido la tercera vez en adelante.

También puede desactivar todos los menús gráficos ejecutando esto o colocándolo en su Rprofile

 options(menu.graphics = FALSE) 

Agregar a ~/.Rprofile

 local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "mirror_site" #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ options(repos=r) options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite })